蛋白質組學服務手冊實驗簡介： TMT (Tandem mass tag)是由ThermoFisher Scientific公司研發的一種多肽體外等重同位素標記的相對定量技術，采用6、10及16種同位素的標簽，通過特異性標記多肽的氨基基團，經高分辨質譜儀串聯分析，可同時比較多達16種樣品之間的蛋白質表達量，是定量蛋白質組學中的高通量篩選技術。 實驗流程：
應用方向： 生物領域各個研究方面，如： 基礎醫學、臨床診斷：生物標志物，疾病機理機制，疾病分型，個性化治療等 生物醫藥：藥物作用機理，藥效評價，藥物開發等 樣本類型： 新鮮冷凍組織，FFPE組織，體液（血漿血清、尿液等），細胞，完整蛋白，多肽 數據分析： 鑒定與定量結果統計、差異結果統計、PCA分布圖、火山圖、聚類熱圖、GO（亞細胞定位、分子功能、生物過程）、KEGG功能分析、PPI互作網絡分析、趨勢聚類分析等。 技術優勢： 多年從事蛋白質組的專家進行嚴謹科學的實驗設計，確保高質量數據，達到深度的蛋白質組鑒定和定量，個性化的數據分析以及提供文章撰寫參考。 蛋白質糖基化修飾廣泛存在于哺乳動物細胞和病毒，細胞內大約50-70%的蛋白發生糖基化修飾。糖基化修飾參與重要的生理病理過程，例如細胞黏附、信號傳導、蛋白質穩態等。多種疾病發生發展過程重均表現出蛋白質糖鏈異常表達，包括癌癥、神經退行性疾病、代謝異常性疾病等。糖蛋白被廣泛用于疾病生物標志物，抗體藥物等。 實驗流程：
蛋白質經過磁珠固相酶解可去掉任意去垢劑，然后進行tmt標記，親水相互作用富集低豐度糖肽、高pH反向分餾分、高準確質譜采集方法、自動化數據處理流程。 應用方向： 生物領域各個研究方面，如： 基礎醫學、臨床診斷：生物標志物，疾病機理機制，疾病分型，個性化治療等 生物醫藥：藥物作用機理，藥效評價，藥物開發等 抗體藥物糖鏈結構表征 樣本類型： 新鮮冷凍組織，FFPE組織，體液（血漿血清、尿液等），細胞，完整蛋白 數據分析： 鑒定與定量結果統計、差異結果統計、PCA分布圖、火山圖、聚類熱圖、GO（亞細胞定位、分子功能、生物過程）、KEGG功能分析、PPI互作網絡分析、趨勢聚類分析等。 糖基化位點、位點占有率、糖鏈、完整糖肽定量分析。 糖基化微觀不均一性分析、糖蛋白結構模擬分析等。 技術優勢： 項目負責人是多年從事糖蛋白質組新技術的開發者，發展了大規模、高通量精準鑒定和定量糖蛋白質組的全套技術方法，文章發表在Nature、Nature communications、Science advances等權威期刊。將協助進行嚴謹科學的實驗設計，確保高質量數據，達到深度的糖蛋白質組鑒定和定量，提供個性化的數據分析以及提供文章撰寫參考。 蛋白質磷酸化是生物體內最廣泛和最重要的調控修飾之一。調節諸多信號通路進而參與調控生物體的生長、發育、逆境應激、疾病發生等多種生命過程，所以磷酸化一直是生物學研究的重點與熱點。 實驗流程：
應用方向： 生物領域各個研究方面，如： 基礎醫學、臨床診斷：生物標志物，疾病機理機制，疾病分型，個性化治療等 生物醫藥：藥物作用機理，藥效評價，藥物開發等 樣本類型： 新鮮冷凍組織，FFPE組織，體液（血漿血清、尿液等），細胞，完整蛋白 數據分析： 鑒定與定量結果統計、差異結果統計、PCA分布圖、火山圖、聚類熱圖、GO（亞細胞定位、分子功能、生物過程）、KEGG功能分析、PPI互作網絡分析、趨勢聚類分析等。 磷酸化蛋白、位點定量分析。 技術優勢： 采用主流的TiO2富集方法，特異性高，富集效率好；通過高分辨率、高掃描速度的質譜，對富集的磷酸化肽段進行大規模鑒定；結合常用的定量技術可對不同樣品間的磷酸化水平的差異進行定量比較。 蛋白是生命活動的執行者，可以以單一分子或者復合體形式執行生命活動。免疫共沉淀質譜（IP-MS）是將樣品中同抗體靶蛋白相互作用的蛋白一同隨免疫復合物沉淀，然后進行質譜檢測的技術。免疫共沉淀后通過質譜技術可以尋找一種蛋白在體內的相互作用蛋白。 樣本類型： Pull-down 蛋白質樣本，SDS-PAGE膠或者洗脫的溶液
數據分析： 潛在相互作用蛋白列表 熱蛋白質組分析（Thermal Proteome Profiling，TPP）將細胞熱移位測定（CETSA）的原理與基于多重定量質譜的蛋白質組學相結合，CETSA基于蛋白質在受熱時變性并變得不溶的原理，通過在多個溫度下監測剩余的可溶性餾分，可以獲得每種檢測到的蛋白質的熔解曲線。該方法通過測定加藥前后，不同加熱溫度下蛋白在蛋白溶液中的相對含量，繪制蛋白隨溫度變化的溶解曲線，計算蛋白聚沉50%時的溫度（melting temperature，Tm），Tm在加藥后發生變化的蛋白被認為是活性分子的潛在靶標蛋白。TPP經過改進后發展出一種更加高通量、更加簡便的方法用于藥物靶點鑒定即Proteome Integral Solubility Alteration (PISA)。PISA的方法可以在一次tmt標記實驗中即可鑒定靶點蛋白。 實驗流程：
應用方向： 小分子藥物細胞內靶點蛋白鑒定 樣本類型： 細胞 數據分析： 潛在靶點蛋白鑒定 技術優勢： 方法的特點是藥物不需要經過化學修飾，可鑒定藥物在活細胞內的相互作用靶點蛋白。 |
